Je ne suis pas spécialiste en assurance, Mitsucat' t'en dira certainement plus ... ;)
Ceci dit pour estimer la valeur d'un véhicule de collection ou hors norme la règle est de faire appel à un expert sécialisé qui en détermineras une valeur "indicative" en fonction de la rareté, l'état, certificat d'autenticité, etc ...
Les pièces en aftermarket et autres modifs sont bien sur intégrées dans son estimation suivant différents critères (production de facture, à défaut valeur moy. sur le marché, etc ...)
Mais si ma mémoire est bonne, cette estimation ne représentera pas une valeur d'indemnisation en cas de sinistre, juste un bon indicateur ... (à moins d'un contrat spécial)

Autre point, tout les experts ne "côtent" pas de la même façon, d'ou l'intérrêt de s'octroyer les services d'un spécialiste de la question ;)

Pas si simple de répondre à ce type de question, tout dépend du contrat souscrit. Souvent les pièces ajoutées sont couvertes par la garantie contenu et aménagement du véhicule ou équipement.
En général il vaut mieux prévenir sa compagnie dès qu'on rajoute quelque chose surtout si ça coute les yeux de la tête.
L'expert chiffrera un véhicule à l'état d'origine, il ajoutera les "accessoires" en sous réserve de garantie contractuelle.
Mais si les pièces sont prévues par le catalogue constructeur elles peuvent être chiffrées avec le véhicule mais il faut apporter des factures. mais comme je le mets plus haut tout dépend du contrat.

Je viens d'en faire la douloureuse expérience, les pièces moto corse ne sont pas pris en compte

le secret est simple, si tu veux tout te faire rembourser, tu prend un contrat en béton, donc cher :(